赫爾辛基大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種新型的生物信息學(xué)管道，稱為Lazypipe，用于識(shí)別宿主相關(guān)或環(huán)境樣品中的病毒。該管道是在病毒學(xué)家和生物信息學(xué)家之間密切合??作下開發(fā)的。研究人員認(rèn)為，他們已經(jīng)成功解決了病毒宏基因組學(xué)通常遇到的許多挑戰(zhàn)。

 

此前，由Olli Vapalahti教授領(lǐng)導(dǎo)的病毒人畜共患病研究小組發(fā)表了兩個(gè)實(shí)例，這些實(shí)例是由Lazypipe從野生動(dòng)物中鑒定出的新型和潛在的人畜共患性病毒制劑，可以用作載體。從肯尼亞的Mops condylurus蝙蝠的糞便和器官樣本中鑒定出一種新的埃博拉病毒，并從東北部的tick中鑒定出一種新的由tick傳播的病原體沿山病毒。

Teemu Smura博士說：“這些例子證明了Lazypipe數(shù)據(jù)分析對(duì)具有非常不同的DNA / RNA背景的NGS文庫的有效性，涉及從哺乳動(dòng)物組織到合并和壓碎的節(jié)肢動(dòng)物。

當(dāng)前的冠狀病毒大流行增加了以無偏見的方式快速檢測(cè)以前未知的病毒的需求。

Ravi Kant博士說：“在沒有參考基因組的情況下檢測(cè)到SARS-CoV-2，證明了Lazypipe在新型人畜共患病毒制劑出現(xiàn)的情況下的效用，并且可以通過NGS測(cè)序從臨床樣品中快速檢測(cè)出。”

4月初，研究小組使用Lazypipe測(cè)試了SARS-CoV-2陽性樣本的文庫。

Ilja Pljusnin博士說：“我們確認(rèn)，該管道在默認(rèn)設(shè)置下且沒有SARS-CoV-2參考基因組的10個(gè)庫中，有9個(gè)檢測(cè)到SARS-CoV-2 。”

Assoc補(bǔ)充說：“懶惰管可能在預(yù)測(cè)新興傳染病中起關(guān)鍵作用。” Tarja Sironen教授。

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來源：生物探索

 

qPCR法介紹：

熒光定量PCR法（qPCR）：是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上，將『針對(duì)支原體特異性保守序列的探針』做熒光標(biāo)記，使PCR擴(kuò)增后的產(chǎn)物帶有熒光，利用熒光信號(hào)的變化和配套軟件，進(jìn)行DNA擴(kuò)增反應(yīng)的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)，簡稱qPCR。

優(yōu)點(diǎn)：①靈敏度高、特異性強(qiáng)。

②時(shí)間短，2-3小時(shí)出結(jié)果。

③檢測(cè)結(jié)果可定量。

④操作簡便。

缺點(diǎn)：①對(duì)于已做支原體滅活處理的樣品，由于支原體DNA仍舊存在其中，PCR結(jié)果會(huì)出現(xiàn)假陽性。（可用培養(yǎng)法做補(bǔ)充驗(yàn)證）

②不同廠家生產(chǎn)的試劑盒質(zhì)量